El objetivo del Protocolo es contribuir a la conservación y uso sostenible de la diversidad biológica, teniendo también en cuenta los riesgos para la salud humana, al establecer reglas y procedimientos internacionales para reparación y compensación en relación con los OVM. Su esencia es la atención a los daños eventuales que se deriven del movimiento fronterizo de OVM y la definición de medidas de responsabilidad y compensación.